Em 1997, Fincher dirigiu Vidas em Jogo, estrelado por Michael Douglas e Sean Penn, uma aventura sombria que enfoca um homem de negócios de São Francisco, de personalidade fechada, que recebe um presente incomum do irmão mais novo, um presente no qual ele se torna um participante involuntário de um jogo que domina sua vida. Em 1999, juntou-se de novo a Brad Pitt em Clube da Luta, baseado na adaptação para a tela do romance de Chuck Palahniuk. O filme, co-estrelado por Edward Norton e Helena Bonham Carter, recebeu grande atenção da crítica e se tornou um dos filmes mais influentes de seu tempo.
Em 2002, dirigiu O Quarto do Pânico, estrelado por Jodie Foster, Forest Whitaker, Dwight Yoakum e Jared Leto. O sucesso de bilheteria, que introduziu alguns usos inovadores da computação gráfica, estava centrado no apuro por que passavam uma mãe solteira e sua filha, ambas escondidas em um quarto de sua nova casa, que fora invadida por criminosos em busca de uma fortuna desaparecida.